ATP（三磷酸腺苷）是生物體內能量儲存和利用的重要分子，其結構與功能在細胞活動中至關重要。針對題目選項，我們逐一分析：

A. ATP分子由1個腺嘌呤脫氧核苷酸和2個磷酸基團組成 → 錯誤。ATP由腺嘌呤、核糖和三個磷酸基團組成，其中腺嘌呤與核糖構成腺苷，因此ATP是腺嘌呤核糖核苷酸，而非脫氧核苷酸（脫氧核苷酸中的糖是脫氧核糖）。

B. 3個ATP分子中含有9個高能磷酸鍵 → 錯誤。每個ATP分子含有2個高能磷酸鍵（位于磷酸基團之間），因此3個ATP分子應含有6個高能磷酸鍵。

C. ATP中的“A”與構成DNA中的堿基“A”不是同一種物質 → 正確。ATP中的“A”指腺苷（由腺嘌呤和核糖組成），而DNA中的“A”僅指腺嘌呤堿基。兩者雖有聯系，但化學結構不同。

D. 葉綠體內ATP的運輸方向是基質→類囊體薄膜 → 錯誤。在光合作用的光反應階段，ATP在類囊體薄膜上合成，并運輸到葉綠體基質中用于暗反應，因此方向應為類囊體薄膜→基質。

綜上，本題正確答案為C。ATP作為“能量貨幣”，其合成與水解驅動細胞生命活動，理解其結構細節（如高能磷酸鍵數量、組成成分）及在細胞器中的動態過程（如葉綠體內的ATP流向），是掌握細胞能量代謝的關鍵。